凭经验进行分类的分类学家对于为什么能够按“亲缘关系”或“相似性”将种归类并没有解释。当Sttickland（1840）把相似性定义为“存在于自然类别的两个或多个成员之间的关系，换句话说，基本性状的一致”时，他并没有为其中的关键词“自然（的）”、“基本（的）”下定义。正是达尔文填补了这个解释空白，并说明为什么有自然类别，为什么它们共同享有“基本”性状。也正是达尔文提出了生物学分类的基本学说。在他以前还没有人如此明确地说明某个分类单位的成员之所以相似是因为它们是一个共同祖先的后代。其实，这并不是一种完全新的观念，布丰就曾经寻思过相似的物种，例如马和驴，或各种猫，有可能来自一个始祖种，Erasmus Darwin以及德国的某些进化论者也有类似的想法。林奈在其晚年也曾认为高级分类单位的成员可能是杂交的结果。但是布丰和林奈都没有把这种推想转变成分类学说或进化学说。当Pallas（1766）和拉马克（1809，1815）先后提出亲缘关系的树状图时，它也没有对等级结构分类产生任何影响（Simpson，1961：52）。

只有很少人知道达尔文是进化分类学整个领域的创始人。正如Simpson正确指出的，“进化分类学毫无保留地和几乎绝对地肇源于达尔文。”这就是说共同祖先学说不仅自动地说明了生物之间的绝大多数类似性（事实也确是如此），而且达尔文还建立了一种经过深思熟虑的、详尽阐述了方法和还没有解决的问题的学说。《物种起源》第十三章（第一版，411－458页）全部是阐述他的分类学说。第十三章是以经常被引用的一段话开头：“从生命开始出现，一切生物彼此相似的程度是递减的，因而可以将生物分成类下有类。这种分类显然不像随意地把星辰归类那样”（411页）。达尔文在这里含蓄地反对了那样一种当时经常可以听到的议论，说什么分类（到了1859年已经达到了相当精细的水平）是分类学家的任意和人为的产物。他接着写道：

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